Index

_

__init__() (celltraj.trajectory.Trajectory method)

A

apply3d() (in module celltraj.features)

axes (celltraj.trajectory.Trajectory attribute)

B

boundaryCB_FFT() (in module celltraj.features)

boundaryFFT() (in module celltraj.features)

C

cellblocks (celltraj.trajectory.Trajectory attribute) cells_frameSet (celltraj.trajectory.Trajectory attribute) cells_imgfileSet (celltraj.trajectory.Trajectory attribute) cells_indimgSet (celltraj.trajectory.Trajectory attribute) cells_indSet (celltraj.trajectory.Trajectory attribute) celltraj.cli module celltraj.features module celltraj.imageprep module celltraj.model module

celltraj.spatial module celltraj.trajectory module celltraj.translate module celltraj.utilities module clean_clusters() (in module celltraj.model) clean_labeled_mask() (in module celltraj.imageprep) constrain_volume() (in module celltraj.spatial) create_h5() (in module celltraj.imageprep) crop_image() (in module celltraj.imageprep)

D

dist_to_contact() (in module celltraj.imageprep)

E

expand_registered_images() (in module celltraj.imageprep)

F

featBoundary() (in module celltraj.features) featBoundaryCB() (in module celltraj.features) featHaralick() (in module celltraj.features)

featNucBoundary() (in module celltraj.features) featSize() (in module celltraj.features) featZernike() (in module celltraj.features)

G

generate_xcoords_violin() (in module celltraj.utilities) get_adhesive_displacement() (in module celltraj.spatial) get_alpha() (celltraj.trajectory.Trajectory method) get_avdx_clusters() (in module celltraj.model) get_beta() (celltraj.trajectory.Trajectory method) get_border_dict() (in module celltraj.spatial) get_border_properties() (in module celltraj.spatial) get_border_properties_dict() (celltraj.trajectory.Trajectory method) get_boundary_multipole_moments() (in module celltraj.spatial) get_cc_cs_border() (in module celltraj.features) get_cell_blocks() (celltraj.trajectory.Trajectory method) get_cell_centers() (in module celltraj.imageprep) get_cell_channel_crosscorr() (celltraj.trajectory.Trajectory method) get_cell_children() (celltraj.trajectory.Trajectory method) get_cell_compartment_ratio() (celltraj.trajectory.Trajectory method) get_cell_data() (celltraj.trajectory.Trajectory method) get_cell_features() (celltraj.trajectory.Trajectory method) get_cell_index() (celltraj.trajectory.Trajectory method) get_cell_intensities() (in module celltraj.imageprep) get_cell_parents() (celltraj.trajectory.Trajectory method) get_cell_positions() (celltraj.trajectory.Trajectory method) get_cell_sandwich() (celltraj.trajectory.Trajectory method) get_cell_trajectory() (celltraj.trajectory.Trajectory method) get_cellboundary_library() (celltraj.trajectory.Trajectory method) get_cells_nchildren() (celltraj.trajectory.Trajectory method) get_committor() (in module celltraj.model) get_contact_boundaries() (in module celltraj.features) get_contact_labels() (in module celltraj.features) get_contactsum_dev() (in module celltraj.imageprep) get_cyto_minus_nuc_labels() (in module celltraj.imageprep) get_dx() (celltraj.trajectory.Trajectory method) get_feature_map() (in module celltraj.imageprep) get_flux_displacement() (in module celltraj.spatial) get_flux_ligdist() (in module celltraj.spatial) get_fmask_data() (celltraj.trajectory.Trajectory method) get_frames() (celltraj.trajectory.Trajectory method) get_gaussianKernelM() (in module celltraj.model) get_H_eigs() (in module celltraj.model) get_image_data() (celltraj.trajectory.Trajectory method) get_image_shape() (celltraj.trajectory.Trajectory method) get_images() (in module celltraj.imageprep) get_intensity_centers() (in module celltraj.imageprep) get_kernel_sigmas() (in module celltraj.model) get_kineticstates() (in module celltraj.model) get_koopman_eig() (in module celltraj.model) get_koopman_inference_multiple() (in module celltraj.model) get_koopman_modes() (in module celltraj.model) get_kscore() (in module celltraj.model) get_label_largestcc() (in module celltraj.imageprep) get_labeled_mask() (in module celltraj.imageprep)

get_labels_fromborderdict() (in module celltraj.spatial) get_landscape_coords_umap() (in module celltraj.model) get_lineage_btrack() (celltraj.trajectory.Trajectory method) get_lineage_min_otcost() (celltraj.trajectory.Trajectory method) get_lineage_mindist() (celltraj.trajectory.Trajectory method) get_LJ_force() (in module celltraj.spatial) get_mask_2channel_ilastik() (in module celltraj.imageprep) get_mask_data() (celltraj.trajectory.Trajectory method) get_masks() (in module celltraj.imageprep) get_morse_force() (in module celltraj.spatial) get_motifs() (in module celltraj.model) get_motility_features() (celltraj.trajectory.Trajectory method) get_multipole_boundarylibrary_properties() (celltraj.trajectory.Trajectory method) get_neighbor_feature_map() (in module celltraj.features) get_nndist_sum() (in module celltraj.imageprep) get_null_correlations() (in module celltraj.translate) get_ot_displacement() (in module celltraj.spatial) get_ot_dx() (in module celltraj.spatial) get_pair_rdf() (celltraj.trajectory.Trajectory method) get_pair_rdf_fromcenters() (in module celltraj.imageprep) get_path_entropy_2point() (in module celltraj.model) get_path_ll_2point() (in module celltraj.model) get_pca_fromdata() (in module celltraj.features) get_predictedFC() (in module celltraj.translate) get_registration_expansions() (in module celltraj.imageprep) get_registrations() (in module celltraj.imageprep) get_secreted_ligand_density() (celltraj.trajectory.Trajectory method) (in module celltraj.spatial) get_signal_contributions() (celltraj.trajectory.Trajectory method) get_slide_image() (in module celltraj.imageprep) get_stack_trans() (celltraj.trajectory.Trajectory method) get_state_decomposition() (in module celltraj.translate) get_steady_state_matrixpowers() (in module celltraj.model) get_surface_displacement() (in module celltraj.spatial) get_surface_displacement_deviation() (in module celltraj.spatial) get_surface_gradvariance() (in module celltraj.spatial) get_surface_points() (in module celltraj.spatial) get_tile_order() (in module celltraj.imageprep) get_traj_ll_gmean() (in module celltraj.model) get_traj_segments() (celltraj.trajectory.Trajectory method) get_trajAB_segments() (celltraj.trajectory.Trajectory method) get_trajectory_steps() (celltraj.trajectory.Trajectory method) get_transition_matrix() (in module celltraj.model) get_transition_matrix_CG() (in module celltraj.model) get_unique_trajectories() (celltraj.trajectory.Trajectory method) get_volconstraint_com() (in module celltraj.spatial) get_voronoi_masks() (in module celltraj.imageprep) get_voronoi_masks_fromcenters() (in module celltraj.imageprep) get_Xtraj_celltrajectory() (celltraj.trajectory.Trajectory method) get_yukawa_force() (in module celltraj.spatial)

H

histogram_stretch() (in module celltraj.imageprep)

I

image_shape (celltraj.trajectory.Trajectory attribute)

L

list_images() (in module celltraj.imageprep) load_for_viewing() (in module celltraj.imageprep)

load_from_h5() (celltraj.trajectory.Trajectory method) load_ilastik() (in module celltraj.imageprep) local_threshold() (in module celltraj.imageprep)

M

main() (in module celltraj.cli) make_odd() (in module celltraj.imageprep) manual_fate_validation() (celltraj.trajectory.Trajectory method) meanIntensity() (in module celltraj.features) module celltraj.cli celltraj.features celltraj.imageprep celltraj.model celltraj.spatial celltraj.trajectory celltraj.translate celltraj.utilities

N

nchannels (celltraj.trajectory.Trajectory attribute) ndim (celltraj.trajectory.Trajectory attribute) nmaskchannels (celltraj.trajectory.Trajectory attribute)

nx (celltraj.trajectory.Trajectory attribute) ny (celltraj.trajectory.Trajectory attribute) nz (celltraj.trajectory.Trajectory attribute)

O

organize_filelist_fov() (in module celltraj.imageprep)

organize_filelist_time() (in module celltraj.imageprep)

P

pad_image() (in module celltraj.imageprep)

progress_bar() (in module celltraj.utilities)

S

save_for_viewing() (in module celltraj.imageprep)

save_frame_h5() (in module celltraj.imageprep) save_to_h5() (celltraj.trajectory.Trajectory method)

T

ternary_coords_from_3d() (in module celltraj.utilities) totalIntensity() (in module celltraj.features)

Trajectory (class in celltraj.trajectory) transform_image() (in module celltraj.imageprep)

U

update_mahalanobis_matrix_flux() (in module celltraj.model) update_mahalanobis_matrix_grad() (in module celltraj.model)

update_mahalanobis_matrix_J() (in module celltraj.model) update_mahalanobis_matrix_J_old() (in module celltraj.model)

Z

znorm() (in module celltraj.imageprep)